Der Vertragsnaturschutz ist das Markenzeichen der kooperativen bayerischen Naturschutzpolitik. Damit wird Landwirten und anderen Landnutzern die besonders naturverträgliche Bewirtschaftung von ökologisch wertvollen Flächen gezielt honoriert. Ziel ist der Erhalt der Biodiversität, in erster Linie die Umsetzung des Europäischen Schutzgebietsnetzes Natura 2000 sowie der Bayerischen Biodiversitätsstrategie.

Über das Vertragsnaturschutzprogramm wird die schonende Bewirtschaftung von ökologisch wertvollen Wiesen, Weiden, Äcker und Teichen gefördert. Landwirte sowie sonstige Landbewirtschafter verpflichten sich, fünf Jahre lang die Flächen nach den Zielen des Naturschutzes zu bewirtschaften.

Dabei können Grundleistungen wie die späte Mahd einer Wiese oder die extensive Ackernutzung mit Zusatzleistungen, z. B. dem Verzicht auf Dünge- und Pflanzenschutzmittel oder Erschwernissen (z.B. Mahd mit Messermähwerk, Motormäher, Feuchtezuschlag etc.) kombiniert werden. Dieser modulare Ansatz schafft die Möglichkeit, spezifisch auf die jeweiligen Lebensräume und die darin vorkommenden Tier- und Pflanzenarten, aber auch auf die Erfordernisse der jeweiligen landwirtschaftlichen Betriebe einzugehen.

Durch die Förderung sollen die zusätzlichen Kosten bei der naturschonenden Bewirtschaftung und die Einkommensverluste ausgeglichen werden.