Bei den Mitgliedern des Bayerischen Kommunalen Prüfungsverbandes werden die überörtlichen Rechnungs- und Kassenprüfungen durch diesen Verband, bei den übrigen Gemeinden durch die Staatlichen Rechnungsprüfungsstellen der Landratsämter durchgeführt (überörtliche Prüfungsorgane).

Die jeweilige Rechnungsprüfung ist grundsätzlich keine vollständige Prüfung; sie beschränkt sich in der Regel auf eine angemessene Zahl von Prüfungsgebieten und Stichproben. Bei der  Auswahl der Prüfungsgebiete sind Umfang, Schwierigkeit und finanzielle Bedeutung der verschiedenen Prüfungsgebiete zu berücksichtigen. Prüfungsmethode und -umfang sind im Rahmen der einschlägigen Vorschriften dem pflichtgemäßen Ermessen der Prüfer überlassen.

Durch Kassenprüfungen werden die ordnungsgemäße Erledigung der Kassengeschäfte, die ordnungsgemäße Einrichtung der Kassen und das Zusammenwirken mit der Verwaltung geprüft.