Nicht verfahrensfreie Bauvorhaben, für die die Leitung der Entwurfsarbeiten und die Bauüberwachung einer mit geeigneten Fachkräften ausgestatteten Baudienststelle des Bundes, des Freistaates Bayern oder eines Bezirks übertragen sind, bedürfen keiner Baugenehmigung, Genehmigungsfreistellung, Anzeige und Bauüberwachung. Sie unterliegen dem bauaufsichtlichen Zustimmungsverfahren. Für die Erteilung einer erforderlichen Zustimmung für Bauvorhaben einer Baudienststelle in einem Regierungsbezirk ist die jeweilige Regierung zuständig.

Dieses Verfahren verläuft in zwei Stufen. Zunächst beteiligt die Baudienststelle die Nachbarn und bittet um Zustimmung durch Unterschrift auf den Plänen. Weiter wird die jeweilige Gemeinde von der Baudienststelle beteiligt und gefragt, ob sie mit dem Vorhaben und dem Verzicht auf ein Zulassungsverfahren einverstanden ist. Stimmen die Nachbarn zu und widerspricht die Gemeinde dem Entfall des Zustimmungsverfahrens nicht, ist das Verfahren beendet und eine baurechtliche Zulassungsentscheidung der Regierung ist nicht mehr notwendig. In diesem Fall hat die Baudienststelle aber die gegebenenfalls noch notwendigen weiteren Erlaubnisse, zum Beispiel nach Denkmalschutzrecht, einzuholen.

Stimmen nicht alle Nachbarn dem Bauvorhaben zu oder widerspricht die Gemeinde dem Entfall des Genehmigungsverfahrens, beantragt die Baudienststelle in einem zweiten Schritt bei der zuständigen Regierung die bauaufsichtliche Zustimmung nach Art. 73 Bayerische Bauordnung (BayBO).

Die bauaufsichtliche Zustimmung der Regierung tritt an die Stelle einer Baugenehmigung und stellt gegenüber den Nachbarn und den Gemeinden, die mit dem Vorhaben nicht einverstanden sind, einen Verwaltungsakt dar, gegen den sie vor Gericht vorgehen können.

Bauvorhaben, die der Landesverteidigung (auch Vorhaben der US-Streitkräfte), dienstlichen Zwecken der Bundespolizei oder dem Zivilschutz dienen, bedürfen nur einer Anzeige an die Regierung. Außerdem ist die zuständige Gemeinde zu beteiligen (Kenntnisgabeverfahren).